Mint minden kültéri árnyékolási megoldásnak, a napvitorlának is vannak a korlátai. Lehetnek olyan helyzetek vagy területek, amikor más árnyékolási megoldások célravezetőbbek.
Mivel a napvitorla egy könnyű és gyorsan telepíthető árnyékoló, ami textilből van, ezért az erős szélnek nehezen áll ellen. Talán ez a legnagyobb hátrány, ami elmondható róla, és ezért nem tudja felvenni a versenyt a fix telepítésű, masszív és tartós konstrukciókkal, mint például egy pergola vagy előtető.
Ha a vitorla nagy felületű, akkor különösen komoly kihívást jelenthet a szél. Megsérülhet vagy akár leszakadhat a napvitorla még gondos és szakszerű rögzítés esetén is. Ezt a veszélyt úgy tudjuk mérsékelni, hogy több darabból állítjuk össze a teljes felületet. Így a szél szabadon járhat a vitorladarabok között, amivel csökken annak az esélye, hogy kárt okozzon bennük. Szélviharos területeken a napvitorlák rögzítéséhez extra oszlopokra, erősebb rögzítési rendszerekre van szükség, ami bonyolultabbá és költségesebbé teheti a telepítést.
A napvitorlák formájuk és elhelyezésük miatt nem mindig biztosítanak teljes árnyékolást. Háromszög alakú vitorlák esetén a lefedett terület gyakran kisebb a lefedendő területnél, és bizonyos napszakokban az árnyék nem pontosan oda esik, ahol szükség lenne rá. Ez különösen akkor igaz, ha a napvitorlát nem megfelelő szögben vagy helyen rögzítik, ezért a telepítésnél kalkuláljuk be a nap járását és a tájolást. A több darabból összeállított vitorláknál pedig a rések miatt tűzhet ránk a nap az elvileg lefedett területen is. Természetesen a nap járása miatt ezek a napsütötte sávok is vándorolnak.
Amit még meg kell említeni, hogy a napvitorlák folyamatosan ki vannak téve az időjárás változásainak, így az élettartamuk jelentősen függ az anyag minőségétől és a környezeti hatásoktól. Egy jó minőségű napvitorla akár éveken át is szolgálhat, ha gondot fordítunk például a téli tárolására.
